O método mais eficaz de tratamento das fissuras anais é a excisão cirúrgica. O tempo de recuperação após a cirurgia depende da gravidade da fissura e da própria constituição do paciente, e não pode ser generalizado. A cirurgia minimamente invasiva das fissuras anais é geralmente realizada no esfíncter anal interno. Se os sintomas do paciente forem ligeiros e a incisão for inferior a 1cm, o paciente irá melhorar gradualmente e a dor será reduzida em 1-2 semanas após a cirurgia. Contudo, devido ao elevado nível de bactérias perianais e à estimulação diária dos movimentos intestinais, o tempo de cicatrização pode ser atrasado e pode demorar cerca de 1 mês para que a ferida recupere totalmente. Se a fissura for mais grave, a lesão for mais profunda e a incisão cirúrgica for maior que 1cm, o paciente recuperará mais lentamente e normalmente demora cerca de 1 mês para que a dor diminua. Contudo, o tempo de recuperação depende da capacidade de recuperação do próprio paciente e da manutenção pós-operatória, que pode demorar até vários meses. Os pacientes são aconselhados a ajustar a sua dieta após a cirurgia, a não comer em excesso, a não beber álcool, a não comer alimentos picantes e estimulantes, e a comer mais vegetais e frutas ricas em fibras para evitar ou reduzir a obstipação; ao mesmo tempo, prestar atenção à higiene perianal, e utilizar água quente ou solução de permanganato de potássio para se sentarem no banho após as fezes para promover a recuperação da ferida o mais rapidamente possível.