As principais manifestações das fissuras anais são dor e sangue nas fezes, ambas intimamente relacionadas com a defecação. A primeira é a dor, que é causada pela dilatação do canal anal durante a defecação. A dor desaparece brevemente em seguida e é seguida de dor intensa devido a espasmo do esfíncter, que pode durar até à defecação seguinte. A outra manifestação é o sangue nas fezes, também devido à dilatação fecal do canal anal, causando pequenos vasos sanguíneos na fissura a rasgar e sangrar. A hemorragia é irregular, por vezes presente e por vezes ausente, e é geralmente pequena, por vezes sob a forma de gotas de sangue durante um movimento intestinal, por vezes sob a forma de sangue nas fezes, por vezes no papel, e por vezes com uma pequena quantidade de muco misturado com o sangue. Se houver dor periódica no ânus juntamente com sangue irregular nas fezes, então as fissuras anais devem ser consideradas.