Embora a maioria dos quistos ovarianos sejam benignos na prática clínica, ainda há uma hipótese de malignidade. Em primeiro lugar, se um cisto ovariano aumentar rapidamente num curto período de tempo e for detectado por ultra-sons como massa ovariana bilateral, ecogenicidade sólida ou baixo sinal de fluxo obstrutivo, isto sugere a possibilidade de malignidade, enquanto que um cisto ovariano que permaneceu inalterado durante muito tempo é menos susceptível de desenvolver malignidade. Em segundo lugar, a hipótese de malignidade é geralmente baixa tanto nos quistos ovarianos comuns como nos causados pela endometriose, mas isto não significa que eles estejam ausentes. A grande maioria dos tumores malignos dos ovários surge de quistos ovarianos, pelo que, assim que uma doente é diagnosticada com um quisto ovariano patológico, estes devem ser operados o mais rapidamente possível para evitar a ocorrência de alterações malignas.