As fístulas gengivais não são completamente erradicadas, principalmente porque a irritação local não é eliminada e a excisão cirúrgica não é completa, resultando em lesões infectadas remanescentes. A lesão subjacente não é removida e a fístula gengival ainda pode voltar a aparecer. Por exemplo, as fístulas periapicais apresentam-se geralmente como uma condição crónica e são particularmente fáceis de ignorar uma vez que o paciente é na sua maioria indolor, mas a área periapical está de facto sempre inflamada.