As fístulas gengivais geralmente não são auto-cicatrizantes e são tratadas com tratamento do canal radicular que causa a fístula e medicação para a fístula, conforme descrito abaixo. As fístulas gengivais são normalmente causadas por uma inflamação periapical crónica. O tratamento começa com a abertura da polpa e a preparação do canal radicular, onde o canal radicular que causa a fístula deve ser preparado para além do forame apical. A parede interna da fístula é então raspada com uma pequena espátula até atingir a área apical, e a fístula é lavada repetidamente com peróxido de hidrogénio, metronidazol e soro fisiológico, e um fluido espumoso branco pode transbordar da fístula. Uma preparação de iodofórmio e uma torção de algodão contendo iodofórmio são colocadas no canal radicular e o canal é temporariamente selado para conseguir o encerramento da fístula. Recomenda-se a visita a um centro médico regular para tratamento profissional.