As fístulas gengivais não são completamente erradicadas, principalmente porque a irritação local não é eliminada e a excisão cirúrgica não é completa, resultando na persistência de lesões infectadas. Se a lesão subjacente não for removida, a fístula gengival ainda pode voltar. Por exemplo, as fístulas periapicais são geralmente crónicas e a maioria dos doentes não tem qualquer reacção dolorosa, pelo que são particularmente fáceis de ignorar, mas a área periapical está na realidade sempre inflamada.