As fístulas gengivais têm muitas etiologias, causadas principalmente por infecções dentárias e periodontais não tratadas.
Gradualmente, desenvolve-se uma infecção apical ou pulpite, seguida de um abcesso na ponta da raiz, cujo pus pode penetrar na placa óssea, periósteo e gengiva e drenar através de uma fístula na gengiva. A fístula pode ser fechada novamente após a descarga do material infectado, e depois reaberta se uma certa quantidade de pus se acumular, e assim por diante.