O número de dias que um paciente passa no hospital após uma cirurgia está principalmente relacionado com a complexidade da fístula e precisa de ser analisado caso a caso. Se a fístula é simples ou de baixo nível, a fístula é superficial e o trauma é pequeno, pelo que o tempo de recuperação é geralmente mais rápido, normalmente 5-7 dias no hospital, sem outras complicações, mas a cura completa levará cerca de 3 semanas. Se a fístula é complexa, o trauma é grande e requer mudanças diárias de curativos, aperto dos pontos a cada 3 dias e observação constante da cura da abertura interna, a estadia hospitalar é de cerca de 1-2 semanas. Se a fístula é alta, a ferida é grande e profunda, e a função anal é lenta a recuperar, a estadia hospitalar é normalmente de 1 mês ou mais. No entanto, a duração exacta da estadia no hospital só pode ser decidida após um exame e consulta com um médico no departamento anorrectal do hospital. Se o hospital local estiver apertado nas camas, poderá voltar para casa para se recuperar assim que o seu estado melhorar, com mudanças regulares de medicação e revisões regulares.