As infecções intra-uterinas em recém-nascidos são geralmente difíceis de curar completamente porque são causadas por infecção no útero da mãe e são geralmente detectadas após o nascimento, uma vez que os sintomas iniciais de infecção intra-uterina são menos óbvios. Isto resulta frequentemente em danos irreversíveis, tais como icterícia patológica e hepatoesplenomegalia, e em alguns casos microcefalia e grave atraso mental, que são difíceis de corrigir. O retardamento mental e a microcefalia, em particular, são em grande parte fixos e difíceis de inverter. Só quando uma infecção intra-uterina é detectada é que o tratamento anti-infeccioso pode ser administrado para prevenir novos danos, e no caso de infecções por citomegalovírus, o ganciclovir pode ser utilizado para tratar a infecção.