A ciclofosfamida é um medicamento muito clássico para o tratamento da nefrite. Estes medicamentos pertencem aos agentes alquilantes dos imunossupressores e são muito eficazes em muitos tipos de nefrite, tais como a lupus nephritis, a vasculite associada à ANCA e a nefropatia membranosa. Especialmente em combinação com glucocorticoides, podem curar muitas nefrite. No entanto, os efeitos secundários da ciclofosfamida são também relativamente significativos. Os efeitos secundários mais graves geralmente observados são a supressão da medula óssea, toxicidade da bexiga, gonadotoxicidade e risco de carcinogénese. O transplante de medula óssea é dose-dependente e são necessários testes sanguíneos regulares para prevenir a mielossupressão. A toxicidade da bexiga manifesta-se principalmente como cistite hemorrágica, pelo que os doentes tratados com ciclofosfamida precisam de beber muita água e hidratar adequadamente para reduzir a toxicidade da bexiga.