Na prática clínica, a decisão de operar com um quisto aracnóide não se baseia no tamanho, mas sim nos sintomas clínicos do paciente e na pressão sobre o cérebro. Em alguns casos, se houver atrofia cerebral significativa e o cisto aracnóide for muito grande, mas o paciente não tiver quaisquer sintomas clínicos, a cirurgia não é recomendada, uma vez que há riscos associados à cirurgia e é provável que cause reacções adversas. Se o cisto aracnoide do paciente crescer rapidamente num curto período de tempo, comprimindo severamente o tecido cerebral e criando sintomas clínicos muito graves ou mesmo causando efeitos de risco de vida. Nesses casos, é necessário um tratamento cirúrgico, seja craniotomia ou cirurgia de punção minimamente invasiva. Por conseguinte, é importante avaliar o estado real do paciente para que seja mais preciso, caso contrário, muitas vezes é fácil de errar e de diagnosticar mal.