A quimioterapia produz geralmente uma série de efeitos secundários, que provocam frequentemente mal-estar ou anomalias nos exames. De um modo geral, o tempo de recuperação destes sintomas e anomalias não é o mesmo, mas a maior parte deles não demora mais de um mês. Alguns doentes demoram mais tempo a recuperar e muito poucos doentes não voltam completamente ao normal. Alguns sintomas desconfortáveis desaparecem rapidamente, por exemplo, as reacções alérgicas causadas pelos medicamentos de quimioterapia, os doentes podem sentir comichão na pele ou mesmo dificuldades respiratórias e outros sintomas desconfortáveis, que normalmente recuperam no prazo de 1-2 dias após a interrupção do medicamento ou a administração de tratamento anti-alérgico. Os efeitos secundários digestivos, como as náuseas, os vómitos e a diarreia, desaparecem geralmente de forma lenta no prazo de 2 a 3 dias após o fim da quimioterapia, sendo que o período mais longo não ultrapassa geralmente uma semana. Alguns efeitos secundários da quimioterapia podem demorar mais tempo a recuperar, por exemplo, a supressão da medula óssea após a quimioterapia, que resulta em análises sanguíneas que mostram uma diminuição do número de glóbulos brancos, glóbulos vermelhos e plaquetas, que normalmente atinge o seu nível mais grave 7-10 dias após a quimioterapia. A recuperação começa 2 semanas após o fim da quimioterapia e, geralmente, regressa ao normal na maioria dos doentes antes de chegar a altura do próximo ciclo de quimioterapia, com um tempo total de recuperação não superior a 1 mês. É importante notar que um pequeno número de efeitos secundários específicos da quimioterapia pode demorar meses, ou mesmo anos, a regressar ao normal. Por exemplo, os fitoquímicos da quimioterapia podem danificar os nervos periféricos, provocando paralisia e sensações anormais nas mãos e nos pés. Alguns doentes podem voltar ao normal no prazo de três meses após a interrupção dos medicamentos e com tratamento sintomático, enquanto outros podem levar meio ano ou mesmo mais tempo a recuperar, e um número muito reduzido de doentes não recupera completamente e precisa de tomar medicação para toda a vida para se manter.