É necessário utilizar diferentes gotas oftálmicas dependendo da causa da ceratite. Para a ceratite bacteriana, podem ser utilizados colírios oxyfloxacin, ou levofloxacin ou tobramycin. A ceratite fúngica pode ser tratada com 0,5% de colírio Natamicina ou Anfotericina B. A ceratite viral pode ser tratada com 0,1% de gotas oculares de aciclovir, ou gel ocular de ganciclovir, ou gotas oculares de ciclosporina a 0,1%. Algumas queratites podem ser tratadas com colírio glucocorticóide, tais como gotas de Tobramycin Dexamethasone, Flomilon Eye Drops e Bactrim Eye Drops.