As fístulas anais são geralmente classificadas clinicamente nas duas categorias seguintes: fístulas anais simples: são aquelas em que existe apenas uma abertura externa na pele ao lado do ânus. O primeiro colóquio anal nacional em 1975 estabeleceu uma norma de classificação unificada para fístulas anais, em que a linha profunda do esfíncter externo é utilizada como marcador, e uma fístula que passa acima desta linha é considerada alta e abaixo desta linha é baixa. A classificação é a seguinte: 1. fístula simples baixa Há apenas uma fístula que passa abaixo do esfíncter externo profundo e a abertura interna está perto do seio anal; 2. fístula complexa baixa A fístula passa abaixo do esfíncter externo profundo e tem mais de duas aberturas externas, ou dois ou mais tubos e a abertura interna está no seio anal; 3. fístula simples alta Há apenas um tubo e a fístula passa acima do esfíncter externo profundo e a abertura interna está no seio anal; 4. alta fístula anal complexa com mais de dois orifícios externos e condutas com vias sinusais ramificadas, cujas condutas principais passam acima do esfíncter externo profundo e têm um ou mais orifícios internos. As fístulas são classificadas de acordo com a sua relação com o esfíncter: 1. fístulas submucosas; 2. fístulas interesfincteres; 3. fístulas trans-esfincteres; 4. fístulas supraesfincteres; 5. fístulas extraesfincteres.