Quando um paciente tem uma infecção fúngica no canal auditivo, há uma variedade de medicamentos que podem ser aplicados selectivamente, incluindo cremes, gotas dentro do ouvido, e alguns sprays dentro do ouvido. Se a infecção fúngica no ouvido for relativamente superficial, aplicações tópicas tais como pomada de mecónio podem ser aplicadas no canal auditivo para matar e inibir a infecção fúngica. Se a infecção fúngica for relativamente profunda no canal auditivo, pode ser controlada usando gotas de álcool ácido salicílico ou, opcionalmente, alguns sprays dentro do ouvido. Juntamente com a medicação, o paciente deve primeiro tentar limpar o canal auditivo da melhor forma possível. Se houver muitos focos de infecção micobacteriana no canal auditivo, ou se toda a superfície do tímpano estiver coberta, deve ser dada atenção à limpeza destes focos o mais minuciosamente possível, para que o medicamento funcione melhor.