Os quistos da bainha do tendão dorsal pedis ocorrem frequentemente lateralmente à artéria dorsal pedis, junto à bainha do tendão extensor digitorum longus. Os diagnósticos diferenciais comuns de tumores superficiais são cistos dermatomais, tumores de células gigantes da bainha tendinosa, lipomas, fibromas, etc. O método mais simples e rápido de diferenciação é o ultra-som colorido, que pode muitas vezes diagnosticar os cistos da bainha tendinosa de forma mais definitiva. Em pacientes com quistos dermatológicos, existe geralmente um histórico claro de trauma, e os tumores de células gigantes da bainha tendinosa têm uma textura mais dura do que os quistos da bainha tendinosa. Os lipomas são mais extensos ao toque do que os quistos tenossinoviais, não são tão bem definidos e têm uma textura mais suave do que os quistos tenossinoviais. As fibromas tendem a não ser tão grandes e têm uma textura mais dura. O diagnóstico diferencial inicial da hiperplasia nodular reumatóide pode ser feito através de uma radiografia.