A gastroscopia geral não é normalmente realizada ao mesmo tempo. A gastroscopia é um exame trans-oral e requer jejum; a colonoscopia é um exame trans-anal e requer uma lavagem intestinal oral para esvaziar o intestino. Por conseguinte, a gastroscopia não é normalmente feita em conjunto. O estômago e o duodeno pertencem ao tracto gastrointestinal superior, e a gastroscopia é realizada estendendo o tubo estomacal da boca até ao estômago, cuja parte mais distante pode ser alcançada é o duodeno descendente, e o gastroscópio pode ver claramente pequenas lesões nesta secção. O cólon faz parte do tracto gastrointestinal inferior e é realizada uma colonoscopia através do ânus, através do recto, para o cólon sigmóide, cólon descendente, flexão esplénica do cólon, cólon transversal, flexão hepática do cólon, cólon ascendente, região ileocecal e até à extremidade do íleo, onde lesões microscópicas como os pólipos podem ser claramente vistas. A endoscopia e a colonoscopia são realizadas em diferentes partes do corpo e passam por diferentes áreas. Tanto as gastroscopias como as colonoscopias podem ter um impacto na pessoa a ser examinada e pode ser difícil para a pessoa a ser examinada fazer ambos os testes no mesmo dia enquanto está acordada. Para uma gastroscopia sem dor, a fim de reduzir o número de sessões de anestesia, alguns hospitais podem providenciar que a gastroscopia e a colonoscopia sejam realizadas ao mesmo tempo, mas será necessário tomar um líquido de limpeza oral com antecedência e parar de comer e beber 4-6 horas antes da anestesia, uma vez que o corpo ainda será afectado se não comer ou beber durante muito tempo.