Os quistos no fígado são na sua maioria quistos congénitos e podem ficar sem tratamento se não causarem dores abdominais, distensão abdominal ou diminuição da função hepática, e são acompanhados periodicamente conforme prescrito pelo médico para observar se os quistos estão progressivamente a aumentar de tamanho ou a causar desconforto. A cirurgia é frequentemente considerada quando o diâmetro do quisto excede 5-10 cm, quando existem múltiplos quistos, ou quando causa desconforto, dor oculta ou mesmo massas palpáveis na parte superior direita do abdómen. A cirurgia laparoscópica de coração aberto é geralmente utilizada como opção de tratamento de eleição para os cistos hepáticos congénitos, reduzindo a dor da cirurgia tradicional de coração aberto e permitindo que os pacientes saiam da cama numa média de 2-3 dias com um curto tempo de recuperação. No entanto, se o cisto for combinado com infecção, hemorragia, fístula biliar, ou malignidade que não possa ser tratada laparoscopicamente, a cirurgia aberta ou outras formas de tratamento têm de ser escolhidas ao critério do médico. Os quistos supra-hepáticos adquiridos podem ser quistos hepáticos encapsulados, ou seja, doença hepática encapsulada de vermes, que é uma doença parasitária zoonótica causada por infecção com larvas de Echinococcus. Pode ser assintomática na fase inicial, e com o desenvolvimento de abcesso pode causar sintomas tais como perda de apetite, dores vagas no fígado, desperdício, anemia, e massa abdominal superior direita. Como os parasitas da equinococose podem causar danos graves no tecido hepático ou outros tecidos, a taxa de mortalidade é extremamente elevada se não for tratada de forma agressiva. Os doentes podem ser submetidos à remoção do endocisto após ultra-sons e exames de TAC para confirmar o diagnóstico, suplementados por sutura de inversão, tubos de drenagem adicionais, e tamponamento cístico omental grande para aumentar o efeito terapêutico, e o albendazol e mebendazol orais podem ser usados para desparasitar sob a orientação de médicos.