As razões para a recorrência da fístula anal após a cirurgia são as seguintes: 1. manipulação incorrecta do orifício interno: a grande maioria destas deve-se ao facto de o orifício interno não ter sido encontrado com precisão, ou o foco primário da infecção, ou seja, o orifício interno, não foi completamente removido. As glândulas anais não são tratadas correctamente: de acordo com estudos recentes, a infecção da glândula anal é uma causa importante da fístula anal, pelo que é importante remover a abertura interna, bem como as glândulas anais inflamadas e os canais das glândulas anais junto à abertura interna. 3. remoção incompleta dos ramos da fístula e das suas cavidades fistulosas: isto é, a não raspar tecido necrótico limpo ou remover ramos durante a cirurgia pode levar à recidiva. 4. orifícios internos complexos: isto é, quando existem dois ou mais orifícios internos, a procura dos orifícios internos é incompleta, levando à recorrência. 5. fístula anal recém gerada: Na sua maioria, o paciente tem uma infecção das glândulas anais e um abcesso perianal, levando a uma nova fístula anal, que é confundida com uma recorrência e não é difícil de identificar na clínica.