As causas mais comuns de pedras de fosfato de cálcio são hiperparatiroidismo e acidose tubular renal. A maioria dos pacientes com hiperparatiroidismo primário requer cirurgia para tratar o problema do paratiróide. A acidose tubular renal requer ajuste farmacológico. Se estas duas causas mais comuns forem excluídas, o tratamento farmacológico das pedras de fosfato de cálcio é principalmente através da regulação dos níveis urinários de cálcio pelos diuréticos tiazídicos. Em casos de co-infecção, as pedras de fosfato de cálcio exigem um controlo agressivo da infecção seguido de uma gestão da pedra.