As infecções do tracto respiratório superior podem ser vistas tanto nas categorias bacterianas como virais, pelo que é importante fazer um teste de secreção de esfregaço de garganta ao diagnosticar uma infecção e seleccionar medicamentos para o organismo causador e vírus. No caso de infecções bacterianas, são recomendadas penicilinas, cefalosporinas e aminoglicosídeos de largo espectro antimicrobianos. No caso de infecções virais, medicamentos antivirais como a ribavirina são geralmente tomados. Existem também inibidores da neuraminidase que são agora mais eficazes contra a gripe, tais como oseltamivir, e bloqueadores do canal iónico M2 tais como a amantadina para a prevenção da gripe A. Assim, a melhor maneira de usar medicação para a gripe é testar o agente causador e escolher a medicação.