O período de tolerância imunitária da hepatite B não tem geralmente qualquer efeito no fígado. O período de tolerância imunológica da hepatite B significa geralmente que o doente é portador do vírus da hepatite B, mas o vírus coexiste pacificamente com o organismo, não há efeitos óbvios um sobre o outro, e não há danos óbvios na função hepática, e os índices bioquímicos dos testes laboratoriais estão basicamente no normal. Durante o período de tolerância imunitária, o vírus da hepatite B entra no corpo humano, mas neste momento o sistema imunitário do corpo não causa efeitos significativos no vírus da hepatite B e não destrói nem lida com as células hepáticas infectadas, pelo que o período de tolerância imunitária da hepatite B geralmente não causa danos na função hepática e não terá um efeito no fígado em circunstâncias normais. Embora o período de tolerância imunitária da hepatite B não tenha qualquer efeito no fígado, a carga viral é mais elevada nesta altura e continua a ter um certo grau de contagiosidade. Por isso, os doentes no período de tolerância também precisam de prestar atenção ao isolamento para evitar infetar pessoas em contacto próximo. Se as transaminases estiverem elevadas, isso sugere que a hepatite B pode entrar no período de depuração imunitária, que afecta o fígado e requer tratamento antiviral atempado para evitar danos excessivos na função hepática.