A dor após a cirurgia da fístula anal deve ser sentida por cada paciente. O grau de dor pós-operatória está principalmente relacionado com o tamanho do trauma e o limiar de estimulação da dor do paciente. Muitos pacientes sentem dores muito fortes após a cirurgia, especialmente durante o primeiro movimento intestinal, e até têm sombras psicológicas. Para reduzir o estímulo doloroso da defecação, o primeiro passo é controlar a dieta, geralmente comendo uma dieta líquida ou semi-líquida durante 1-2 dias após a cirurgia, tais como vegetais e frutas com elevado teor de fibras. Além disso, o primeiro movimento intestinal deve ser controlado 2-4 dias após a cirurgia. Os banhos de Sitz ou fisioterapia local podem ser utilizados para aliviar os espasmos dolorosos causados pela estimulação do esfíncter anal após um movimento intestinal. Para pacientes individuais com dor significativa, as injecções para dor intramuscular ou analgésicos orais também podem ser utilizadas para aliviar a dor anal.