Se uma fissura anal estiver presente, pomadas tópicas podem ser aplicadas directamente na abertura anal, ou directamente na fissura, uma vez que a abertura anal é uma área relativamente pequena e a aplicação na abertura anal também pode funcionar na fissura, pelo que é mais fácil de aplicar directamente na abertura anal. Se estiver presente uma fissura anal, as pomadas normalmente utilizadas são pomada de nitroglicerina e pomada de hemorróidas. Se a dor após uma fissura for particularmente intensa e durar muito tempo, pode aplicar pomada de nitroglicerina topicamente para aliviar o espasmo do esfíncter anal e aliviar a dor muito rapidamente, e o efeito ainda é relativamente bom. No entanto, se a doença cardíaca estiver presente, é melhor não utilizar pomada de nitroglicerina. Além disso, os cremes para hemorróidas podem promover a cura de fissuras anais até certo ponto, mas o alívio da dor não é tão bom como a pomada de nitroglicerina.