As sequelas da cirurgia da fístula anal, que incluem principalmente a recidiva pós-operatória, a humidade anal e comichão, e a incontinência anal, são as seguintes: Primeiro, recidiva pós-operatória: se o tratamento da fístula ou a abertura interna falhar durante a cirurgia da fístula anal, levará à recidiva pós-operatória da fístula, que também se manifestará como inchaço e dor perianal, bem como sintomas de pus flowing. A segunda é a humidade e comichão do ânus: alguns pacientes que foram submetidos a uma extensa cirurgia à fístula anal terão o ânus bem fechado após a incisão ter cicatrizado, e a água fecal e o muco dos intestinos irão vazar à volta do ânus, levando à humidade e comichão à volta do ânus. Em terceiro lugar, incontinência anal: se a fístula for localizada alta durante a cirurgia e o anel anorectal for cortado durante a cirurgia, isto pode levar à incontinência anal pós-operatória.