Um cisto submucosal no seio pterigóides é clinicamente conhecido como um cisto pterigóides do seio e normalmente não é um problema grave. Um cisto no seio pterigóides está localizado no fundo do seio e pode ser assintomático quando o cisto é pequeno devido ao grande número de estruturas adjacentes no seio pterigóides, tais como o nervo óptico, o seio cavernoso e a hipófise. Os quistos mucinosos podem comprimir estas estruturas e causar sintomas tais como perda de visão, dores de cabeça e perturbações endócrinas. Portanto, os quistos no seio pterigóides podem ser removidos cirurgicamente, se necessário. Actualmente, a excisão endoscópica dos cistos no seio pterigóides é frequentemente realizada, mas ainda é necessário ter o cuidado de evitar danos nas estruturas acima referidas. Também é necessário prestar atenção a hemorragias graves, pois existe uma artéria pterigopalatina na parede anterior do seio pterigóideo, que pode sangrar muito se estiver ferida e é difícil de parar, exigindo uma manipulação cuidadosa durante a cirurgia e a cura no prazo de uma semana após a cirurgia.