Para além das anomalias da função hepática, hepatite B crónica e cirrose pós-hepatite B, o resultado mais grave é a malignidade hepatocelular e o desenvolvimento de carcinoma hepatocelular. Se o valor da alfa-fetoproteína for significativamente elevado, é um indicador sensível e específico para a detecção do cancro do fígado. Se o valor da alfa-fetoproteína não diminuir continuamente ou se for progressivamente elevado, a possibilidade de cancro do fígado deve ser altamente suspeita.