As lesões pré-cancerosas vaginais requerem intervenção e são geralmente tratadas cirurgicamente. Neoplasia intra-epitelial vaginal (NIAV), que pode ser classificada como hiperplasia atípica ligeira (NIAV I), hiperplasia atípica moderada (NIAV II), hiperplasia atípica grave (NIAV III) ou carcinoma in situ. As lesões pré-cancerosas vaginais são VAIN II e VAIN III, que podem estar relacionadas com uma infeção persistente a longo prazo com tipos de papilomavírus humano de alto risco. A biópsia de tecidos vaginais anormais sob colposcopia pode confirmar o diagnóstico e, se não for feita qualquer intervenção, as lesões podem evoluir para cancro vaginal, que é normalmente tratado com cirurgia e acompanhamento regular após a cirurgia. Se forem detectadas lesões vaginais pré-cancerosas, é necessária uma avaliação exaustiva por um médico e deve ser efectuado um tratamento razoável sob a orientação do médico, de modo a não ser negligente e evitar atrasar a doença.