A chave para o tratamento da atresia anal é o diagnóstico precoce e o tratamento cirúrgico precoce.
O resultado exacto após a cirurgia depende do tipo.
A baixa atresia anal tem um bom prognóstico, com melhor controlo do intestino pós-operatório.
A atresia anal alta é tratada de forma minimamente invasiva por laparoscopia com bons resultados e a incontinência fecal raramente ocorre.