As crianças com atresia anal podem ter as seguintes manifestações: 1) ausência de ânus normal no períneo, ou seja, ausência de ânus; 2) pode ocorrer distensão abdominal, que se torna mais pronunciada com o tempo. Se verificar que um recém-nascido não defecou nas 24 horas seguintes ao nascimento, deve verificar se há atresia anal; 3) vómitos, uma vez que não pode defecar e sucos digestivos, leite, ou mesmo fezes podem ser vomitados da boca, na sua maioria amarelo-esverdeados, ou de cor fecal; 4) fístula uretral, fístula vaginal, fístula perineal, etc., com fístulas anormais com defecação.