A atresia analítica não é fácil de detectar. A ecografia pré-natal da atresia anal congénita é variada e complexa, sem especificidade, e pode revelar dilatação rectal e efusão utero-vaginal em fetos individuais, com uma elevada taxa de sub-diagnóstico clínico. A atresia anal é geralmente detectada durante o exame físico pós-natal do recém-nascido.