Os pacientes com atresia anal moderada a elevada têm tendência a ter uma função intestinal anormal e um aumento da frequência das fezes. Os pacientes com atresia anal moderada a elevada são propensos a função intestinal anormal após a cirurgia, e alguns pacientes são propensos a incapacidade de controlar os movimentos intestinais e aumento da frequência dos movimentos intestinais. Alguns pacientes requerem laparotomia, o que pode levar a aderências intestinais e, em casos graves, a obstrução intestinal, o que requer uma nova cirurgia.