As gotas para a ceratite precisam de ser escolhidas de acordo com as diferentes causas de ceratite. Por exemplo, para a ceratite bacteriana, pode-se usar gotas oxifloxacina, ou levofloxacina ou tobramicina. A ceratite fúngica pode ser tratada com 0,5% de colírio Natamicina ou Anfotericina B. A ceratite viral pode ser tratada com 0,1% de gotas oculares de aciclovir, ou gel ocular de ganciclovir, ou gotas oculares de ciclosporina a 0,1%. Algumas queratites podem ser tratadas com colírios glucocorticóides, tais como gotas de dexametasona de tobramicina, gotas de flumetron e gotas oftálmicas Bactrim. Em suma, é necessário utilizar diferentes gotas oftálmicas dependendo da causa da doença.