No caso de quistos de joelho, se houver um aumento de líquido na cápsula articular devido a esforço repetido ou trauma, o tratamento pode ser por punção para extrair o líquido da cápsula, com ligadura de pressão e fecho local com acetato de prednisolona, com a possibilidade de recorrência. Se os sintomas forem graves ou recorrentes, a cistectomia é realizada artroscopicamente. Após a cirurgia, deve ser observado o repouso e deve ser evitada a marcha com peso sobre o membro afectado para evitar lesões acidentais. No caso de quistos de bainha tendinosa ou quistos poplíteos, o tratamento baseia-se nas circunstâncias específicas do cisto. Se o cisto for relativamente pequeno e não causar pressão na área circundante, não é necessário nenhum tratamento especial por enquanto e a observação é continuada. Se o cisto crescer progressivamente e afectar a função do joelho ou o aspecto da articulação do joelho, poderá ser necessário removê-lo cirurgicamente.