As infecções por micoplasma podem causar danos graves no sistema urinário, resultando em cistite aguda e uretrite aguda, geralmente com manifestações clínicas tais como febre, dores abdominais, urgência urinária, frequência e micção dolorosa. Os testes de rotina à urina mostram fugas de glóbulos vermelhos e brancos, bem como de proteínas, pelo que as infecções por micoplasma podem ser anormais. O tratamento pode incluir antibióticos macrolídeos como a roxitromicina e a azitromicina, ou antibióticos de quinolonas como a ciprofloxacina e a levofloxacina. É recomendado beber mais água para reduzir a possibilidade de reinfecção do tracto urinário.