As complicações podem ocorrer em 40% dos hemangiomas e variam consoante a localização, o tamanho e a taxa de crescimento do hemangioma. As complicações podem ser funcionais ou orgânicas e incluem habitualmente ulceração, hemorragia, infeção, insuficiência cardíaca, perturbação da visão, obstrução das vias respiratórias, dificuldades de alimentação e obstrução do canal auditivo externo. As úlceras são a complicação mais comum dos hemangiomas, seguidas de hemorragias. As úlceras ocorrem frequentemente durante o período de crescimento e são mais prováveis de ocorrer em áreas propensas a fricção. As úlceras são dolorosas e podem ficar infectadas e hemorrágicas, acabando por cicatrizar. A hemorragia deve-se normalmente a uma fuga venosa devido a um aumento da pressão local, mas é necessário excluir as perturbações sistémicas da coagulação ou as malformações arteriovenosas. A infeção é também uma complicação comum dos hemangiomas infantis. As infecções são primárias, por um lado, mas mais frequentemente secundárias à ulceração, sendo mais provável que ocorram em áreas de difícil tratamento, como a boca e a zona perianal. Os hemangiomas mistos podem provocar um desvio dos grandes vasos, o que pode levar a uma insuficiência cardíaca de alto débito. Os hemangiomas à volta dos olhos podem causar astigmatismo, ptose, estrabismo, erro refrativo, proptose, ambliopia e cegueira. Os hemangiomas no pescoço ou na parte inferior da face podem estar associados a hemangiomas subglóticos, causando obstrução das vias respiratórias, que pode ser suficientemente grave para causar a morte. Hemangiomas na boca ou na cavidade nasal podem causar dificuldades de alimentação. Os hemangiomas do ouvido podem causar obstrução do canal auditivo externo, o que pode afetar a audição a curto prazo, mas tem pouco efeito sobre a audição a longo prazo. O crescimento excessivo de hemangiomas infantis gigantes na face pode invadir os ossos faciais ou a cartilagem do ouvido.