O tratamento com interferão para a infecção por HPV é dado num curso de 30 dias. Normalmente após 30 sessões, são necessários testes rápidos para confirmar se o HPV se tornou negativo e o tratamento pode ser interrompido uma vez que se tenha tornado negativo. Contudo, se o teste revelar que o HPV não se tornou negativo, é provável que seja necessário iniciar uma segunda via de tratamento, ou seja, 60 dias, mas normalmente não há um limite de tempo específico. Portanto, é preciso decidir se se deve usar 30 ou 60 dias, dependendo do teste HPV. O tratamento com HPV baseia-se actualmente na terapia com interferão, mas existem efeitos adversos associados à utilização do interferão para tratamento. Os efeitos adversos comuns incluem febre, fadiga e mal-estar. A maioria dos pacientes relutam em utilizar interferão durante longos períodos de tempo, mas é importante aderir ao tratamento com interferão durante um período de tempo suficiente.