A duodenite causada por H. pylori requer tratamento de erradicação da H. pylori. Os medicamentos antibióticos mais utilizados incluem amoxicilina, metronidazol/tennidazol, furazolidona, tetraciclina e claritromicina. Dois ou mais antibióticos são normalmente combinados com antiácidos para formar uma terapêutica tripla e quádrupla. Os medicamentos PPI como o omeprazol e o pantoprazol são frequentemente escolhidos como supressores ácidos. Os doentes podem aplicar medicamentos de bismuto em combinação para proteger a mucosa gástrica.