O prognóstico dos pacientes com encefalopatia hepática depende do grau de falência hepatocelular. O prognóstico é melhor se a causa for encontrada e facilmente tratada; o prognóstico é melhor se o fígado estiver a funcionar bem, se tiver sido efectuada uma derivação e se a encefalopatia hepática for causada por uma dieta rica em proteínas; o prognóstico é pior em doentes com ascite, icterícia e tendência a sangrar, sugerindo mau funcionamento do fígado; o prognóstico é pior na encefalopatia hepática devido a insuficiência hepática fulminante (aguda).