O prognóstico para pacientes com encefalopatia hepática depende do grau de falha hepatocelular. O prognóstico é melhor se a causa for encontrada e facilmente tratada; o prognóstico também é melhor para pacientes com boa função hepática, shunts e alta ingestão de proteínas; pacientes com ascite, icterícia e tendência a sangrar sugerem má função hepática e o seu prognóstico também é mau; o prognóstico é pior para a encefalopatia hepática devido à insuficiência hepática fulminante (aguda).