O pantoprazol é relativamente seguro em geral, mas a toma de pantoprazol durante mais de 3 anos pode produzir reacções adversas tais como causar disbiose, enterite pseudomembranosa, pólipos gástricos, e os pacientes experimentam ocasionalmente sintomas gastrointestinais tais como dor epigástrica, diarreia, obstipação ou inchaço. Um pequeno número de doentes pode sentir náuseas ou ocasionalmente causar reacções cutâneas alérgicas, tais como prurido e erupção cutânea, e pode também causar sintomas neurológicos manifestados como tonturas e perturbações visuais menos comuns. O pantoprazol é normalmente utilizado para tratar úlceras pépticas activas, esofagite de refluxo, e gastrite crónica, e é agora também utilizado em terapia antiplaquetária e hormonal para prevenir danos nas mucosas. No entanto, o pantoprazol não deve ser tomado durante muito tempo. O curso do pantoprazol é normalmente 2-4 semanas para doenças como a gastrite erosiva e a úlcera duodenal, e 4-8 semanas para a úlcera gástrica, gastrite de refluxo, e esofagite de refluxo. A doença deve ser observada regularmente para remissão, e se de facto for necessária medicação a longo prazo, as funções hepáticas e renais devem ser revistas regularmente. Além disso, o medicamento inibe a secreção de ácido gástrico durante um período forte e longo, pelo que não deve ser aplicado com outros antiácidos ou supressores ácidos, e para prevenir a supressão excessiva de ácidos, também não é recomendado aplicar grandes doses durante muito tempo, caso contrário pode aumentar a probabilidade de arritmia cardíaca, aumento de transaminases, alterações na função renal e diminuição de granulócitos.