As manifestações clínicas de alergia às proteínas do leite envolvem múltiplos órgãos e órgãos, principalmente a pele, o sistema respiratório e o aparelho digestivo. Dependendo da gravidade da doença, pode ser classificada como ligeira a moderada ou grave. As principais manifestações cutâneas são dermatites atópicas, tais como eczema, prurido, erupção cutânea, urticária, edema e secura, etc. Em casos graves, os sintomas são dermatite exsudativa ou atópica grave. As manifestações gastrointestinais são geralmente refluxo, vómitos, diarreia e obstipação frequentes. Algumas crianças podem mesmo desenvolver uma síndrome alérgica aguda, o que requer uma hospitalização rápida. A maioria das crianças tem dois ou mais destes sintomas ao mesmo tempo, com vómitos e sintomas gastrointestinais a aparecerem mais rapidamente, 1-2 horas após o consumo do leite, e diarreia na maioria das vezes 2-6 horas após o consumo. A incidência de dermatite atópica em crianças com menos de 1 ano de idade com alergia ao leite é de 40-50%. A maioria das crianças com uma alergia persistente à proteína do leite tem um historial familiar de doença atópica e são intolerantes a uma variedade de alimentos ou têm condições alérgicas que podem ser alteradas pelo consumo da proteína do leite. Após a dermatite atópica ter sido resolvida, a maioria das crianças desenvolve rinite ou asma.