Recomenda-se que os antiepilépticos sejam mantidos durante os primeiros 6 meses da dieta cetogénica. Após 6 meses, se os sintomas da criança forem bem controlados, podem ser afilados. O medicamento deve ser descontinuado sob a orientação de um neurologista, num processo gradual de afunilamento e diminuição do número de doses. Por outras palavras, se a criança estava a tomar uma dose grande, pode ser reduzida a uma dose pequena; se a criança estava a tomar dois medicamentos, pode ser reduzida de um primeiro e depois do segundo de acordo com a situação. Se estava anteriormente a tomar monoterapia, o processo será mais longo até parar completamente de tomar a medicação.