O hipertiroidismo não tratado ou mal tratado a longo prazo ou as recidivas repetidas podem eventualmente conduzir a danos graves em múltiplos sistemas em todo o corpo. O hipertiroidismo é prejudicial das seguintes formas: danos no sistema cardiovascular: o hipertiroidismo pode levar a taquicardia, arritmias (tais como batimentos prematuros e fibrilação atrial), aumento da pressão arterial, aumento do coração, insuficiência cardíaca, angina de peito, enfarte do miocárdio e outras doenças cardíacas hipertiróides. Quanto maior for a duração do hipertiroidismo, maior é a probabilidade de doença cardíaca hipertiróide, e quanto mais tempo for necessário para recuperar do hipertiroidismo depois de curado, com alguns doentes a não conseguirem mesmo voltar ao normal. A fibrilação atrial também pode produzir coágulos de sangue, que, quando deslocados, podem levar à embolia e paralisia cerebral.