Os esporozoítos causam frequentemente infecções quando a imunidade do corpo é enfraquecida. Os grupos vulneráveis incluem pacientes com SIDA, pacientes com medicamentos imunossupressores a longo prazo e pacientes com doença oncológica em fase terminal. Os pulmões estão frequentemente envolvidos e a apresentação clínica é principalmente uma tosse irritante, principalmente seca. Pode ser acompanhada de febre, geralmente alta, e progressiva falta de ar após a actividade. Os estudos de imagem podem revelar alterações vítreas difusas em ambos os pulmões. A análise dos gases sanguíneos é muitas vezes sugestiva de hipoxemia intratável, e o tratamento com oxigénio e antibióticos convencionais contra a infecção é geralmente ineficaz. Em pacientes sem historial de alergia a sulfonamida, o tratamento com sulfametoxazol composto pode ser de benefício significativo. Em alguns doentes com hipoxemia significativa, pode também ser indicado um tratamento com uma combinação de metilprednisolona.