Os cistos púbicos masculinos precisam de um exame mais aprofundado para clarificar o seu tamanho, localização e etiologia para determinar melhor a forma de os tratar. Em primeiro lugar, se o cisto for um cisto cutâneo na área perineal e o volume for pequeno, a aplicação tópica da pomada Bactrim pode ser aplicada tópica ou oral de uma cápsula de cefixima antibiótica duas vezes por dia durante uma semana para observar se o cisto local subsidia. Em segundo lugar, se for um cisto no escroto, recomenda-se a observação regular para aqueles com um volume pequeno, e para aqueles com um volume maior que causa dor local, a cirurgia local pode ser considerada para remover o cisto, que é normalmente uma seringomielia. Em terceiro lugar, se o cisto for localizado na região perineal, é necessário um exame do dedo anal para esclarecer a presença de uma fístula anal, e após o diagnóstico de uma fístula anal, o paciente precisa de ser tratado por uma cirurgia anorrectal para detectar fugas anais. Se o paciente tiver diabetes, poderá estar presente um abcesso perianal e será realizada uma RM perianal para determinar a direcção e o número de abcessos.