Os pacientes com epididimite têm geralmente um melhor prognóstico após receberem atempadamente e de forma eficaz medicação antibacteriana. No entanto, se os sintomas não forem levados a sério e o paciente não receber tratamento atempado e razoável, pode propagar-se aos testículos e outras partes do corpo e até causar complicações mais difíceis, tais como sepse, abcesso, obstrução epidídima e infertilidade. Se a epididimite aguda ficar sem tratamento durante muito tempo, pode tornar-se inflamação crónica e o prognóstico torna-se pior.