A epididimite aguda tem um início agudo e caracteriza-se pelo desconforto e inchaço do escroto afectado, dor local severa, afectando mesmo o movimento, e dor que irradia para a zona ipsilateral da virilha e abdómen inferior, acompanhada de desconforto geral e febre alta. Geralmente, o lado afectado do epidídimo está inchado e é óbvio que é doloroso ao toque. Quando a inflamação é grave, pode alastrar aos testículos e a pele do escroto pode ficar vermelha e inchada. A epididimite crónica é mais comum que a epididimite aguda, e alguns pacientes não são curados na fase aguda e tornam-se crónicos. A maioria dos pacientes não tem um historial de ataques agudos, mas tem frequentemente prostatite crónica. O tratamento clínico é baseado em tratamentos anti-inflamatórios e locais. A epididimite aguda advoga que os pacientes descansem na cama e aguentem o escroto para reduzir a dor. Na fase inicial, pode ser colocado um saco de gelo no epidídimo para evitar o inchaço. Na fase tardia, compressas quentes podem ser utilizadas para promover o fluxo sanguíneo local e acelerar a subsidência da inflamação. Como se trata de uma infecção, o tratamento anti-infeccioso deve ser realizado. Clinicamente, são utilizados sobretudo antibióticos de largo espectro e antibióticos com melhor efeito sobre as bactérias gram-negativas. Para dor, febre e outros sintomas sistémicos, deve ser aplicado tratamento sintomático com medicamentos antipiréticos e analgésicos. Os sintomas agudos desaparecem gradualmente em cerca de 1-2 semanas, mas são necessárias 4 semanas ou mais para que a epidídima regresse ao tamanho e textura normais, e as complicações não são incomuns.