O tratamento específico para a amenorreia secundária consiste em determinar a causa da amenorreia e depois desenvolver um plano de tratamento com base na causa. Existem dois factores clínicos mais comuns: primeiro, lesões orgânicas, devidas principalmente à história de operações uterinas do paciente, tais como danos endometriais ou aderências causadas por aborto ou curetagem. Após a histeroscopia, pode-se optar por fazer electrocirurgia histeroscópica, e após a electrocirurgia, pode-se adicionar estrogénio, progestina e aspirina, e medicina chinesa para promover a reparação do endométrio. Em segundo lugar, a desordem endócrina pode ser um factor, tal como a hipofunção ovárica que leva à amenorreia. Os doentes podem optar por utilizar estrogénio e progesterona, como tónico, progesterona ou Clomid para tratamento de acordo com a situação específica da hipofunção ovárica.