O tratamento da amenorreia funcional hipotalâmica depende de o paciente ter ou não um requisito de fertilidade. Se o doente tiver necessidades de fertilidade primeiro através da toma de hormonas, recomenda-se um ciclo menstrual normal, e depois são tomados medicamentos promotores da ovulação para promover a descarga de óvulos. Os fármacos hormonais normalmente utilizados incluem: progesterona, pílulas anticoncepcionais, etc. As drogas pro-ovulatórias comummente utilizadas incluem: clomifeno, hormona urotropica, bromocriptina, etc. Se não houver necessidade de fertilidade, basta tomar drogas hormonais, recomenda-se um ciclo menstrual normal. Os doentes que sofrem de amenorreia hipotalâmica funcional são frequentemente acompanhados por vários graus de distúrbios psicológicos, e os que sofrem de distúrbios psicológicos graves precisam de ser acompanhados por psicoterapia. A amenorreia hipotalâmica funcional é uma das formas mais graves de amenorreia, mas o prognóstico é muitas vezes bom se o tratamento for efectuado de acordo com os conselhos médicos, e a maioria dos doentes pode conceber com sucesso após o tratamento.